30 lipca 1391 r. król Władysław Jagiełło przekazał biskupowi krakowskiemu Janowi Radlicy tzw. Państwo Muszyńskie, w skład których oprócz Muszyny wchodziło jeszcze 11 wsi, w tym i Andrzejówka.

Milik powstał może nieco później niż w XIV w. – raczej w XV, wspomina go Jan Długosz (w testamencie Piotra Wyżgi, starosty czorsztyńskiego). W 1575 r. biskup krakowski Franciszek Krasiński nadał Teodorowi – sołtysowi z Andrzejówki – przywilej na lokację wsi na prawie wołoskim wzdłuż potoku Milik i na grunt dla księdza prawosławnego (poświętne). Synowie owego Teodora, Jan i Ignacy, uzyskali w 1596 r. potwierdzenie przywileju, a w 1770 r. w sporze z sołtysami tej wsi Jakubem Cichańskim i innymi prezbiter Konstanty Miejski wygrał przed biskupem Kajetanem Sołtykiem poświętne w szerszych granicach, jakie parochom od 1639 r. przysługiwało.

W czerwcu 1770 r. wojska austriackie wkroczyły na Sądecczyznę, odcinając ją "kordonem sanitarnym" od reszty ziem Rzeczypospolitej. Milik wraz z całą południową Małopolską włączony został do Cesarstwa Austriackiego. W wyniku reform józefińskich w latach 80. XVIII w. muszyńskie dobra biskupów krakowskich uległy sekularyzacji.

W granicach Cesarstwa prowincjonalny Milik nie wyróżniał się niczym z grona biednych, łemkowskich wsi. Jeszcze w wydanym w 1919 r. „Ilustrowanym przewodniku po Galicyi (...)” Mieczysław Orłowicz opisał go krótko: Milik (45 km), ruska wioska nad Popradem z kilku niewyzyskanymi źródłami mineralny

W czsie II wojna światowa. Ukraińcy poszli na współpracę z Niemcami, licząc na ich zwycięstwo i powstanie wolnego państwa ukraińskiego.
Niemcy uważali ich jako sprzymierzeńców. Tak też traktowali Łemków. Dla podkreślenia odrębności tych ostatnich od Polaków powołali do życia "Lemkover Genossenschatswerband" - "Związek Łemków". Gdy zadeklarowali się jako Ukraińcy, zwalniano ich z kontyngentów, nie wywożono na roboty przymusowe i zwalniano z obozów jenieckich. Na teren powiatu jasielskiego sprowadzano ze wschodu Ukraińców, którzy we wsiach łemkowskich utworzyli policję ukraińską i straż wiejską mające m.in. na celu wyłapywanie Polaków zmierzających ku granicy ze Słowacją.
Mimo tych zabiegów ukraińskich zdecydowana część Łemków nie dość, że nie zgodziła się współpracować z hitlerowcami inacjonalistami spod znaku "tryzuba", to wielu z nich rozpoczęło działalność konspiracyjną w polskim ruchu oporu, gdzie szczególnie ważną rolę odgrywali w przerzutach granicznych będąc nieocenionymi przewodnikami i kurierami. Końcem wojny prawie cała Łemkowszczyzna znalazła się pod wpływami UPA - Ukraińskiej Powstańczej Armii.

Przesiedlenia Łemków rozpoczęły się już w 1940r. jako przemieszczenia ludności ukraińskiej z Generalnej Guberni i Niemców z ZSRR. Kolejne miało miejsce w okresie 1944-46 i dotyczyło wymiany ludności między PRL a Ukraińską Republiką Radziecką. Najboleśniejsze było to trzecie, w 1947r. w ramach skierowanej przeciw UPA akcji Wisła. Komunistyczne władze polskie potraktowały Łemków w całości jako banderowców, bandytów, wrogów ustroju i władzy ludowej. Zmusiły ich do wyjazdu i rozproszenia się po "Ziemiach Odzyskanych". Takie działania wpłynęły na to, że spora część Łemków poczuła silniejsze związki z narodem ukraińskim.......

        

Historia kościelna

Milik był pierwotnie filią parafii greckokatolickiej w Andrzejówce, a według przypuszczeń pierwsza cerkiew mogła w nim powstać już w 1575 r. Prawdopodobnie już w 1639 r. biskup krakowski Jakub Zadzik erygował w Miliku odrębną parafię greckokatolicką (w innych źródłach można spotkać informację, że Milik stał się odrębną parafią dopiero w XVIII w.). Stara cerkiew stała poniżej obecnego kościoła, zapewne w miejscu dzisiejszej plebanii nad potokiem. W 1801 r. osobne do tej pory parafie greckokatolickie Andrzejówki i Milika połączone zostały unią personalną. Siedzibą parafii stał się Milik, a pierwszym proboszczem "milickim i andrzejowskim" został ks. Gabriel Żegiestowski (1780-1835).